Если разобраться, ничего неприличного в слове «хер» нет. Так называлась в церковнославянском алфавите буква «х», а также любой крестик в форме буквы «х».
Когда крестом вычеркивали ненужные места в тексте, это называлось «похерить». Старый алфавит со всеми азами и буками окончательно отменили в начале XX века, и слово «хер», выйдя из использования, через полстолетия превратилось в синоним коротенького слова на «х» (ты знаешь какого).
А заодно стало казаться непристойным и распространенное выражение с похожим корнем — «страдать херней».