По данным СКР, Наливайченко вместе с руководителями силовых структур Украины организовал похищение журналистов телеканала LifeNews Олега Сидякина и Марата Сайченко. Следователи считают, что силовики удерживали журналистов до 25 мая 2014 года и избивали их на протяжении этого времени.
14 июня Наливайченко организовал захват и похищение журналистов телеканала «Звезда» Евгения Давыдова и Никиты Конашенкова на блокпосту трассы Донецк — Днепропетровск, полагает СКР.
Журналистов удерживали в днепропетровском здании СБУ, избивали и заставляли делать ложные заявления.Также Наливайченко вменяются указания задерживать и пытать мирных жителей, которые не поддерживают новое правительство Украины.
«Жестокость — это признак бессилия и трусости. А местью трусов, как заметил еще классик, всегда является клевета. И подтверждая эту мысль, Наливайченко после всего, что он приказывал делать с безоружными и беззащитными гражданами, публично выступает с нелепыми и лживыми обвинениями в отношении главы Чеченской республики Рамзана Кадырова, видимо, пытаясь переложить вину с больной головы на здоровую», — заявил официальный представитель СКР Владимир Маркин.